オートチャージが働いていない？

　今朝コンビニで買い物した後のSuicaの残額が5,744円だと言う。
　朝はその買い物の直前はそのSuica定期券で電車に乗って来ているし、設定は10,000円を切ったら10,000円をチャージなので、こんな寂しい残額にはならない筈なのだが。
　効果がないと噂されている月毎のオートチャージの上限額が働いているのだとか？